孙立群在《百家讲坛》的节目中曾提出秦始皇的生父便是吕不韦，并认为在邯郸献姬的过程中，吕不韦按照自己的意愿进行了一步步的政治投机。在这本新书中，他仍以专门的章节对这一内容进行了讲述。但对孙立群教授的这个观点，民间学者方舟子却给予反驳，他认为从怀孕时间就可看出孙立群的说法牵强肤浅，没有科学依据。而且，他认为“以现代的眼光看，《史记》算不上严谨的史书。”

对此，孙立群教授回答说，“历史上很多事情是‘公说公有理，婆说婆有理’，不是一争论就能达成共识的。”但他认为，《史记》是严谨的著作，司马迁的记录在一定程度上证明了秦始皇的生父便是吕不韦；此外，他认为还有很多旁证，比如吕不韦是魏国人，魏国在男女方面比较开化；在当时的历史背景下，吕不韦为达到自己的政治目的，把赵姬送给异人也很正常。最后，他强调说，除非可以做DNA鉴定，否则现在任何人的观点都只能说是推论。“出现这场争论表明人们真正想弄清疑问，但关键在于不能人云亦云，读者在看了我的书之后，对《史记》产生兴趣，转而去读点《史记》，这才是更有意义的。”